Emanuela Ferretti consegue la maturità classica nel 1989 e si iscrive alla Facoltà di Architettura dell’Università degli Studi di Firenze dove si laurea nel 1996 con il massimo dei voti. Nel 1997 consegue l’abilitazione all’esercizio della professione di architetto.
Nel triennio 1996-99 frequenta la Scuola di Specializzazione in Archeologia e Storia dell’Arte dell’Università degli Studi di Siena, presso la quale consegue nel 2000 il diploma di specializzazione con il massimo dei voti.
Nel 2001 vince il concorso di Dottorato di Ricerca in Storia dell’Architettura e dell’Urbanistica, Dipartimento di Storia dell’Architettura e della Città (Università degli Studi di Firenze).
Nel 2004 consegue il titolo di Dottore di Ricerca.
Dal 2001 è “cultore della materia” presso la cattedra di Storia dell’Architettura (Prof. G. Carla Romby) dell’Università degli Studi di Firenze, dove svolge attività didattica e di ricerca. Collabora anche al corso di Metodi ed analisi dell’architettura (Prof. Mario C.A. Bevilacqua) dove è responsabile di seminari ed esercitazioni.
Svolge, inoltre, lezioni e conferenze presso la Biblioteca Leonardiana di Vinci e le istituzioni e gli enti del Sistema Museale delle Terre del Rinascimento (Comuni di Cerreto Guidi, Empoli, Fucecchio, Montelupo Fiorentino, Vinci).
Nel corso degli anni di formazione post-laurea partecipa a convegni nazionali e internazionali, ultimo in ordine di tempo (aprile 2005) a Cambridge (UK), dove tiene una comunicazione su “San Lorenzo a Firenze e Cosimo I de Medici”.
Pubblica saggi e articoli su riviste specializzate che documentano un profilo scientifico incentrato sulla Storia dell’architettura e la Storia urbana del ‘500, con particolare riferimento alle problematiche dell’organizzazione e del funzionamento del cantiere storico in età moderna per l’area toscana e romana.

Iacopo Machiavelli fattore a Cerreto Guidi e altri agenti medicei in una relazione di Carlo Pitti e Benedetto Uguccioni, “Miscellanea Storica della Valdelsa”, pp.27-49.
Il problema della regimazione idraulica nella Firenze di Cosimo I dai documenti degli Ufficiali dei Fiumi (1549-1574), alcune considerazioni, in “Bollettino degli Architetti”, n. 119, 2004, pp. 7-15.
Between Bindo Altoviti and Cosimo I: Averardo Serristori, Medici ambassador in Rome, in Raphael, Cellini & a Renaissance banker: the patronage of Bindo Altoviti , ed. by A. Chong, D. Pegazzano, D. Zikos, Isabella Stewart Gardner Museum, Boston 2003, pp. 456-461.
La Rocca e il Castello di Vinci nel mito di Leonardo, in Vinci di Leonardo. Storia e memorie., a cura di R. Nanni, E. Testaferrata, Ospedaletto 2004, pp. 165-182.
I mulini di Vinci, in ibid., pp. 301-313
Per un itinerario dei santuari mariani nella Toscana del primo Seicento, in Il popolo di Dio e le sue paure, a cura di E. Ferretti, presentazione di A. Benvenuti, I. Moretti, Firenze 2003, pp. 7- 22.
Prima di Ammannati, in G.C. Romby, E. Ferretti, Nuovi documenti su Palazzo Pitti, in “Mitteilungen des Kunsthistoriches Institut in Florenz”, XLVI, 2002 (2003), pp. 162-196.
Appunti per la conoscenza del cantiere storico: Bernardo Buontalenti e la fabbrica del palazzo di Bianca Cappello a Firenze, “Ricerche Storiche”, 1, 2002 , (2003), pp. 17-47
La disciplina delle comandate e la costruzione del palazzo di Cosimo I a Cerreto Guidi, in “Miscellanea Storia della Valdelsa”,  2002, n. 3, pp. 233-246.
Maestro David di Raffaello Fortini: dal Tribolo al Buontalenti una carriera all’ombra dei grandi, in Niccolò detto il Tribolo fra arte, architettura e paesaggio, atti del convegno, Poggio a Caiano 10-11 dicembre 2000, a cura di E. Pieri, L. Zangheri, Parma 2001, pp. 73-85.
Il “nuovo” castello antico, in Nello specchio del genio: studi storici, cultura urbana e genius loci tra Otto e Novecento nel segno di Leonardo, a cura di R. Nanni, G.C. Romby, Fucecchio 1999, pp. 81-95.
Il palazzo di Cosimo I a Cerreto Guidi, presentazione di A. Prosperi, G. C. Romby, Firenze 1999.